「cid=値」で付与する と cidの値のみ付与する の違いは？

広告URLのパラメータ付与形式の違いになります。

「cid」は、成果発生に必須なアフィリコード・システムのセッションIDですが、他社ASPとのシステム間連携時など、アフィリコード・システムのデフォルトのパラメータ名を任意のパラメータ名に変更する必要があるケースがあります。

そういった場合は、パラメータ名の変更と共に、パラメータの付与形式を変更して対応します。

付与形式の違いや詳細は、広告素材情報のID自動付与設定を参照してください。